Magnifico nella sua austera nudità, solenne ma accogliente, poderoso e slanciato, grandioso eppure raccolto, armoniosissimo nelle perfette proporzioni, nell’equilibrio tra pieni e vuoti, nella lieta, diffusa e ricca luminosità. É il trionfo della volta e dell’architettura di massa, alla quale è affidato tutto l’effetto. Pur vincolato da precedenti lavori lasciati incompleti, per combinazione di due schemi architettonici diversi, presenta perfetta unità e pare opera di primo getto. Nel progetto dovevano apparire visibili all’esterno ben sette cupole grandi e quattro piccole, è invece probabile che all’interno tutte (salvo quella centrale) dovessero essere semplici catini: tali son restati nel braccio lungo della navata maggiore; quelle della crociera e del presbiterio furono «aperte» circa il 1605 per consiglio di Vincenzo Scamozzi, per migliorare l’acustica, che divenne così perfetta. La cupola di mezzo verrà costruita negli anni tra il 1597 e il 1600; le quattro piccole furono «aperte» anche più tardi di quelle grandi.

Meritevole di particolare interesse è l’altare del Santissimo, che dal 1562 al 1674 accolse i Corpi dei SS. Innocenti; permutati titolo e ufficio con quella primitiva del SS.mo, fu trasformata con armoniosa inserzione del barocco nell’architettura del rinascimento. L’altare, bellissimo esemplare di barocco veneziano, è opera di Giuseppe Sardi (1674), che in perfetta unità di composizione vi pose il grande e bel tabernacolo ideato da Lorenzo Bedoni (1656) ed eseguito da Pier Paolo Corberelli (1656) per la primitiva cappella del SS.mo.
Le sei statue di bronzo sul tabernacolo sono di Carlo Trabucco (1697); i putti del basamento del tabernacolo, di Michele Fabris (1674), i due grandi angeli, di Giusto Le Court (1675), le altre sculture, di Alessandro Tremignon (1675), i mosaici del paliotto (i più belli di tutta la Basilica), di Antonio Corberelli (1675). Nel catino dell’abside: l’Eterno Padre circondato dagli Angeli; nella volta della cappella: il SS.mo Sacramento adorato dagli Apostoli: ambedue belle pitture a fresco di Sebastiano Ricci (1700).