La parte inferiore, fino alla cornice più bassa, è il campanile antico (secolo XII). Esso constava di una canna cieca a pianta quadrata (sette metri di lato), rafforzata su ciascuna fascia da due lesene a doppia ghiera, continue dall’alto al basso e legate in alto da doppia corona d’archetti, sopra la quale era la cella campanaria, con una bifora per lato; era sormontata da una cuspide.

Nel 1599, poiché la mole della nuova chiesa impediva alla città di sentir le campane, la vecchia torre fu raddoppiata d’altezza, murando le bifore, togliendo la cuspide, riempiendo i vuoti fra le lesene. L’aggiunta è una bella costruzione, che porta il campanile a circa 82 metri di altezza. Sostiene 7 campane (la più grossa pesa 2 tonnellate e mezzo) del secolo XVIII, le quali, benché fuse in anni diversi e da diversi maestri, formano un magnifico e armonioso concerto, il più bello di Padova.

Dal campanile, guardando la Basilica, sulla cupola centrale si ammira la statua di rame di S. Giustina in atto di proteggere la città. Sulle quattro cupolette: statue (in lamina di piombo) dei Santi Prosdocimo, Benedetto, Arnaldo, Daniele diacono.