In origine, secondo l’uso tradizionale, la situazione era inversa: l’altare era in fondo, sotto il quadro (che posava circa due metri più in basso); il coro era dove è ora il presbiterio, e il lato minore volgeva le spalle al popolo, come ora le volge all’abside. La situazione attuale è del 1623; l’inversione, diede al popolo la visibilità delle sacre funzioni.

La scalinata d’accesso e le balaustre sono di Francesco Contini, 1630. Nei pilastri, all’ingresso del presbiterio, a destra ammiriamo il busto del patrizio Vitaliano; a sinistra, il busto del patrizio Opilione, opere ambedue di Giovanni Francesco De Surdis (1561).

L’Altare Maggiore, bellissimo e semplicissimo (1640) progettato da Giovan Battista Nigetti; il ricchissimo mosaico intarsiato è di Pier Paolo Corberelli. L’altare racchiude il Corpo di S. Giustina.

Ai lati si ammirano due residenze di noce, opera magnifica di Riccardo Taurigny (1564-1572): S. Pietro riceve dal Signore le chiavi – battezza Cornelio centurione – il castigo di Anania e Saffira e la Conversione di S. Paolo, la sua predicazione e la sua cattura.

I parapetti delle cantorie sono opera di Ambrogio Dusi, 1653. A sinistra dell’altare: candelabro bronzeo per il cero pasquale di Arrigo Minerbi (1953).

Il «Coro Maggiore»: la maestà dell’insieme, dominato dall’immensa ancona dorata; l’adattamento perfetto dell’opera all’ambiente; la euritmia fra i due ordini di stalli, superiore e inferiore, e fra questi e il dossale; l’eleganza e perfezione degli ornati (per esempio, si osservi di scorcio la serie delle cariatidi sorreggenti i braccioli degli stalli; si noti l’elegantissimo dossale, col colonnato di squisite proporzioni, la trabeazione col bellissimo fregio, i bei putti sovrapposti, ognuno in una posa diversa; la varietà e la finezza dei fregi sparsi dovunque).

Di grande effetto gli specchi del dossale, con le figure scolpite in pieno rilievo.
L’autore è Riccardo Taurigny, cui si deve non soltanto l’esecuzione, ma anche il disegno dell’opera, che durò dall’ottobre 1558 al luglio 1566.

L’artista era di Rouen in Normandia: nel lavoro fu aiutato da dieci carpentieri e dall’artista Giovanni Manetti. Gli stalli sono 88; la materia, il legno, di noce, ben conservato. Il tema delle figurazioni, elaborato da Eutizio Cordes monaco di S. Giustina e dottissimo teologo, si può enunciare così: «L’opera redentrice di Gesù Cristo prefigurata nel Vecchio Testamento, attuata nella sua vita, applicata all’umanità». A ciascuno dei fatti della vita terrena di N. S. Gesù Cristo (la Redenzione in atto) rappresentati nei grandi specchi del dossale, corrisponde, in bassorilievo negli schienali degli stalli superiori, un fatto dell’Antico Testamento che è la figura profetica dell’altro; mentre gli schienali degli stalli inferiori portano bassorilievi allusivi: ai Sacramenti, che ci applicano la Grazia della redenzione; ai doni dello Spirito Santo, che ci fanno agire secondo la Grazia, alle virtù che la Grazia produce, ai vizi che la Grazia estingue. I banditori della Redenzione sono rappresentati nelle statue sedute poste sull’inginocchiatoio: due profeti dell’A.T.; i quattro evangelisti; i quattro massimi dottori della Chiesa Latina e si aggiungono, i due titolari della basilica: S. Giustina e S. Prosdocimo.

Questo coro è un esempio dei più grandiosi e completi, di quei cicli figurativi storici e simbolici che il Medioevo ebbe giustamente cari ad istruire nel dogma e nella morale cristiana. Il leggìo col cassone sottoposto è opera anch’esso di Riccardo Taurigny (agosto 1566 – luglio 1572); vi sono raffigurati la vita e il martirio di S. Giustina.

In fondo al coro il Martirio di S. Giustina, opera di Paolo Veronese (1575, firmata), che è la sua più grande pala d’altare. La cornice nobilissima, forse disegno di Michele Sanmicheli, fu scolpita da Giovanni Manetti, allievo e aiuto del Taurigny: è tutta dorata ad oro di zecchino.

Sotto il quadro: bella porta in pietra; nella disposizione originaria chiudeva verso il popolo, in cima alla gradinata. Nei pilastri sotto le finestre: a destra: David vincitore di Golia; a sinistra: Sansone (sec. XVII). In origine, da questi pilastri sporgevano gli amboni per l’Epistola e il Vangelo, come fu uso costante nella Congregazione di S. Giustina fino a tutto il sec. XVI.
Lunette delle arcate piccole: a destra: Giaele uccide Sisara: tela di Pietro Ricchi (1672); Nadab e Abiud puniti per aver usato fuoco profano: Giovan Francesco Cassana (1672). A sinistra: Lotta di Giacobbe con l’Angelo: Pietro Ricchi; Abramo riceve i tre Angeli: Giovan Francesco Cassana.

Sotto il presbiterio e il coro si stende una bella e spaziosa Cripta (1562), la cui volta è un capolavoro di statica per la piccolezza della monta rispetto alla corda (m. 2,60 su m.14).

Da osservare, incorniciato da una nicchia del muro di fondo, il fonte battesimale di bronzo (Milani, 1964).